在桜代学園上学的紫峰創真和青梅竹马葛城真理奈。
两人一直没有得到从长年的“青梅竹马”这一关系更进一步的机会地度过着和平的日子。
在某日的傍晚，两人突然被异形怪物袭击了。
怪物是从异世界・卡伦来的侵略者，是袭击、侵犯人类夺走其魔力的存在。
在绝体绝命的危机中，突然出现的女科学家・天久保百合把“EXS Device”扔给了真理奈。
「Bright Feather Expansion！」
在吟唱浮现在脑海中的词汇的瞬间，真理奈觉醒了身体中的力量变身为“光翼戦姫EXSTIA”。
然后真理奈使用得到强化的身体能力击退了怪人。
百合请求启动了引出人的未知力量的EXS Device的真理奈与侵略者战斗。
虽然混杂着不安与焦躁，但再加上創真的支援，真理奈决定战斗……
然后她被告知，变身所需的能量通过需要用“特殊方法”而积蓄。
「那个…… 阿創……要温柔点哦？」
就这样，創真和真理奈的战斗的日子开始了。